某市生态环境局对某公司进行现场检查，发现存在不规范运行污染治理设施的违法行为，于是进行立案调查，调查终结后向该公司送达了行政处罚告知书，该公司提交陈述申辩对违法事实予以承认，但就罚款金额提出异议，认为公司进行了及时整改，未造成环境影响，可以从轻处罚。对此，生态环境局的以下做法正确的是（)。